La disposición adicional cuarta de la Ley 1/2005, estableció que a partir del 1 de enero de 2013, el órgano autonómico, con informe favorable del Ministerio competente, podía acordar en su territorio la exclusión de las instalaciones que teniendo la consideración de pequeños emisores lo hubiesen solicitado, acreditando el cumplimiento de los requisitos para ello. Las instalaciones excluidas del régimen de comercio de gases de efecto invernadero para el periodo de comercio 2013-2020 mantienen obligaciones en cuanto a seguimiento y notificación de sus emisiones.
 
Todas las instalaciones que están excluidas están sujetas a medidas de mitigación equivalentes establecidas en el Real Decreto 301/2011, por lo que cada una de ellas tiene fijada una senda de emisiones de 2013 a 2020, estando obligadas en caso de que algún año se supere el límite determinado, a entregar, antes del 30 de abril del año siguiente al de superación, Derechos de Emisión, Reducciones Certificadas de Emisiones, Unidades de Reducción de Emisiones u otras unidades emitidas al amparo de lo previsto en la disposición adicional quinta de la Ley 1/2005.
La disposición adicional cuarta de la Ley 1/2005 establece como condición para poder excluir a una instalación del régimen, además de la adopción de medidas equivalentes, la implantación de un sistema de seguimiento y notificación de información sobre emisiones equivalente al previsto en la Ley para las instalaciones que permanecen incluidas.
 
En Castilla-La Mancha y, de acuerdo con el considerando 12 del Reglamento 601/2012, se ha optado por la presentación de las instalaciones excluidas de un plan de seguimiento de emisiones anuales de acuerdo con dicho Reglamento, sin perjuicio de la prórroga de los planes de seguimiento aprobados en el anterior periodo de conformidad con la Decisión 2007/589/CE, en tanto son autorizados los nuevos.
 
Por otro lado, para cualquier instalación excluida y a solicitud de la misma, la Viceconsejería de Medio Ambiente puede aprobar la exención temporal de obligaciones de seguimiento y notificación de emisiones de dicha instalación por cese de la actividad durante el período 2013-2020, siempre que la instalación tenga prevista la reanudación de su actividad antes de la finalización del periodo. Quedará en todo caso sujeta a la obligación de informar de la reanudación de la actividad.
 
Para las instalaciones excluidas del régimen comunitario de comercio de derechos de emisión  se establece la necesidad de:
-        Presentar el plan de Seguimiento de emisiones para el resto del periodo 2015-2020,  así como las sucesivas modificaciones significativas o no que puedan producirse en el mismo.
-        Antes del 31 de marzo de cada año, remitir al órgano autonómico competente el Informe verificado sobre emisiones de gases de efecto invernadero del año precedente. Para la notificación de las emisiones de las instalaciones excluidas se emplearán los formularios existentes para el periodo 2013-2020, salvo que esta Viceconsejería desarrolle y apruebe  nuevos formularios.